与传统师徒教学不同，学校的理论课程特别是中医五行相生相克的课程并不多，更多是常见病的诊疗、公共防疫知识和药材采购和方剂制作等实践技能培训。赵仲景家族之中也有多人是郎中，常年的耳濡目染，让他自认为对医学有所了解。如疾病产生按五行学来说，乃是体内金木水火土平衡失调所致，学校教员虽没有否认其说法，但认为有些是微生物导致。
为此赵仲景也和教员争论过，只不过教员做了一个对比试验便说服了他。这个试验的核心是霹雳军麻最新研制的显微镜，赵仲景在显微镜下真切看到了蠕动的虐原虫、血吸虫等引起疾病的病原。话说这显微镜比望远镜难制作多了，镜片磨制十分困难，当下只能做到几十倍的低倍数，尚还无法磨制高倍数镜片。
当然学校和教员并不是否认五行学说，而是本着“不管黑猫白猫，抓住老鼠就是好猫”的原则，在教学中奉行实用主义标准。对此欧阳轩表示支持，认为“实践是检验真理的唯一标准”。在这种思想的指导下，学校抗住种种压力，甚至开通了人体解剖课，让学员观察内脏器官和肌肉、血管、神经等组织。这种做法在儒家看来不仅血腥而且有违人伦，还是欧阳轩凭着自己的威望强压了反对的声音。幸好现在是战乱，敌人的尸体根本不缺，否则他也说服不了鲁德之这类老学究。
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