与贤者合作进行“工程”的是愚人众执行官第二席“博士”多托雷。
他通过改造虚空终端，将信息投放到一部分须弥人的潜意识中，让他们都相信空是刚刚拯救了世界的英雄。
当空和附身凯瑟琳的纳西妲如约来到教令院门口时，这些须弥人热情地向他们扑来。
眼前尽是无辜民众，空难以出手，正在这时，纳西妲用自己的意识占据了民众的意识，停下了他们的动作，为空和派蒙的逃离制造了机会。
但同时，多托雷也发现了凯瑟琳身体中的意识体是智慧之神小吉祥草王 。
在即将被多托雷控制住的那一刹那，纳西妲完成了民众意识的修复工作，并使用了意识跳转成功逃离。
通过感知空身上的元素力，纳西妲循着来到禅那园，与来此寻找曾被贤者邀请过的提纳里的空和派蒙会和。
进入禅那园后，他们见到了自称已与神明意识相通的学者海芭夏，但通过意识连接见到的却是执行官第六席“散兵”斯卡拉姆齐的记忆。
就在众人思考之时，多托雷雇佣的镀金旅团跳了出来，一镰贯穿了纳西妲寄宿的身体。
最后关头，纳西妲与空意识互换，在赶来帮忙的提纳里的掩护下逃出禅那园。
在意识被多托雷彻底禁锢前，纳西妲留下信息，引导空前往沙漠寻求帮助 。
净善宫中有树王为了独自冥想而隔绝一切外物的装置。
五百年前的大贤者将装置改造，使其无法再从内部操控，也就相当于用神明的技术囚禁了神明。
自从意识在虚空中被多托雷捕捉以后，纳西妲便将自己的意识封闭了起来，避免他从中获知更多情报。
在无边的黑暗里，纳西妲不断反思，现在的局面是她的妄自菲薄与对教令院的迁就促成的，她需要正视自己的内心。
同一时间，空呼唤的声音传了进来，纳西妲随之醒来。
原来他正与教令院书记官艾尔海森、大风纪官赛诺、知名佣兵迪希雅、祖拜尔剧场的台柱妮露等人执行救神计划，在攻破净善宫之前需要提前唤醒纳西妲的意识。
之后，救神计划顺利进行，大贤者阿扎尔被赛诺收押，纳西妲得以踏出封印装置，在现实中与空见面。
拯救神明之后，还需要拯救国家和世界。纳西妲从禁锢中走出来以后，可以直接与虚空核心建立联系并进行操作，她将虚空回退到仅由神明操作的最初形态 。
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